Помимо долговременного культурного влияния крещения десятков тысяч новообращенных по всей Азии, святой Франциск Ксаверий использовал в своем служении несколько уникальных подходов, которые в конечном итоге повлияли на миссионерскую стратегию римско-католической церкви на протяжении многих поколений. Ему приписывают идею о том, что миссионеры должны адаптироваться к обычаям и языку людей, которых они евангелизируют, и он был известен тем, что выступал за дружбу как средство преодоления культурных различий. Он был известен своей добротой и искренностью, а его харизма и репутация доброго человека позволили ему наладить ключевые отношения с самыми разными людьми, включая короля Португалии Иоанна III, вождей племен Малайского архипелага, политических деятелей Индии и Японии, а также многих простых людей, с которыми он непосредственно работал.
В отличие от других миссионеров, которые часто проносились по местности и оставляли новообращенных, не получивших почти никакой религиозной подготовки, кроме крещения, святой Франциск Ксаверий твердо верил, что новые христианские общины не должны быть заброшены. В Индии он готовил европейских миссионеров для продолжения своей работы и надеялся, что его миссии будут расти за счет семинарий, школ и благотворительных организаций. Индийские новообращенные часто принадлежали к низшим кастам и подвергались жестокому обращению со стороны португальцев и местным преследованиям, поэтому он добивался для них гражданской защиты со стороны португальских и индийских властей. Однако его действия в Индии не остались без внимания: он участвовал в создании инквизиции Гоа, которая наказывала новообращенных, обвиненных в продолжении исповедования индуизма или других религий.
В Японии он радикально стремился увековечить веру с помощью образованного местного духовенства (он надеялся сделать то же самое в Китае, но умер, не дождавшись разрешения на въезд). Учитывая, что многие на Западе считали европейское превосходство само собой разумеющимся, идея о том, что новообращенные азиаты могут служить мессу и совершать таинства, была революционной для многих в Европе. Хотя впоследствии японские христиане подверглись жестоким гонениям и были практически истреблены, общины, основанные святым Франциском Ксаверием, прочно укоренились на долгие годы и стали свидетельством преданности японских священников, которые их поддерживали.
