Июнь 1941 года положил начало мрачному эпизоду в истории Литвы: на фоне Второй мировой войны и оккупации страны нацистской Германией 23 июня или около того началось истребление почти всего еврейского населения Литвы. Евреи Литвы жили в стране сотни лет и в столице Вильнюсе создали центр еврейской культурной жизни в Восточной Европе, который просуществовал 150 лет. До войны евреи составляли около 7 % населения страны, но с притоком беженцев, особенно из оккупированной Польши, к 1941 году эта цифра возросла до 10 %.
Литва была оккупирована советскими войсками и присоединена (1940 г.) к Советскому Союзу в качестве составной республики. В июне 1941 года Германия вторглась в Советский Союз и захватила Литву. Народ надеялся, что благодаря союзу с Германией можно будет восстановить независимость Литвы. Как и во всех оккупированных странах, нацистам помогали коллаборационисты, и, как и во многих других странах Европы, в культуре присутствовал антисемитский оттенок. Еще до немецкой оккупации литовцы устраивали антиеврейские самосуды. Когда в конце июня нацистские эйнзацгруппы (мобильные отряды убийц) начали широкомасштабные убийства литовских евреев, другие литовцы помогали им. Первым погромом, возможно, стал погром в Гаргждае, недалеко от границы с Германией, где 23 и 24 июня было убито около 800 евреев. В ходе одного из крупнейших массовых убийств в Панеряй (Понары), расположенном за пределами Вильнюса, тем летом было убито более 70 000 человек.
Большинство сельских еврейских общин в Литве было уничтожено к октябрю 1941 года. Все еврейское население таких городов, как Эйшишок и Ракишок, было собрано и уничтожено. К концу года из первоначальных 250 000 евреев в живых осталось лишь около 40 000 человек, пострадавших от действий немцев и их литовских помощников. Они были сконцентрированы в гетто в Вильнюсе, Каунасе и некоторых других городах, чтобы в конечном итоге быть депортированными в концентрационные лагеря.
